痰涂片进行革兰染色对于肺部感染的早期诊断颇为重要。若痰内发现大量的葡萄球菌和革兰阴性杆菌为抗菌治疗的指征。痰内发现抗酸杆菌，绝大多数病例中是活动性肺结核的证据，可以进行抗结核治疗。痰中发现硫颗粒提示为放线菌病。痰涂片中还可查出酵母菌和球孢子菌体。此外，根据具体情况可进行一般细菌培养和厌氧菌培养