达比加群酯在体内水解为达比加群（活性产物）的过程不受CYP450同工酶等影响，且在肝脏的代谢不经CYP450系统。但是，作为P-糖蛋白（P-gp）的底物，达比加群酯在吸收和经肾脏清除过程中与P-gp转运有关。