良性和潜在恶性组患者手术效果好，不论无瘤时间及生存率均比非手术治疗有明显优势，高度恶性间质瘤由于切除的不彻底性，切除术后不可避免地会复发，效果相对较差。     腹腔肿瘤出血:有5 %患者出现了胃肠道和肿瘤出血，虽然出现概率较低却是最为严重的不良事件，多发生在巨大间质瘤患者中。     小肠间质瘤预后不良，手术中保证肿瘤完整切除、避免破裂是治疗成功的关键。由于胃间质瘤的假包膜容易破裂，难以与周围脏器分离，若勉强剥离易造成肿瘤破裂及术中播散。     近端胃切除术后，病人因贲门被切除，无法控制肠液反流至食管形成反流性食管炎，须在术后长期服用奥美拉唑等药物，且病人的睡眠、饮食均会受到影响。因此，对于体积较小的肿瘤不要轻易行近端胃切除术。对于直径≤5 cm 的胃间质瘤尽量行保留贲门的手术。 消化道重建尝试以下方法，以减少或避免食管反流等并发症: (1)食管-残胃前壁吻合。该方法可以在残胃残端形成类似胃底结构，平卧时可以接纳、缓冲反流向残胃近端的消化液。 (2)食管与胃黏膜单层套入式吻合。该方法也可以达到防止反流的效果，吻合后胃黏膜宽松，高于食管黏膜，从而保护食管黏膜不受胃液浸蚀。吻合口套入，接近正常生理食管胃连接状态，使远端食管(长约3 cm)埋藏在胃壁中，吻合口突出于胃腔内形成黏膜瓣环，起到瓣膜作用。 (3)管状胃-食管消化道重建。首先于胃小弯侧、幽门上3 cm 用线型切割闭合器切除病灶，保留胃右血管。胃管宽度约为5 cm，长度与胃大弯侧残胃相当，最后吻合胃管与食管下端，该术式被认为是残胃-食管吻合的理想术式。 (4)间置空肠吻合。该方法近年来较为常用。