针对抗抑郁药的作用机制，人们的理解已经从神经递质逐渐扩展至更为广阔的区域，如神经可塑性及情感认知功能。神经营养理论聚焦于细胞内机制，主要基于动物及人类尸检研究；这一过程的发生需要数天或数周，与抗抑郁药起效所需时间吻合。另一方面，神经心理理论则步入临床心理学的领地，解释了抗抑郁药在神经元及认知层面对情绪进程的影响，主要针对人类，但近期已扩展至动物；发生很早，与日后临床转归相关，但促成改变同样需要时间。